百合肉质根称为“下盘根”，多达几十条，分布在45~50厘米深的土层中，吸收水分能力强，隔年不枯死。纤维状根称“上盘根”，“不定根”，发生较迟，在地上茎抽生15天左右、苗高10厘米以上时开始发生。

形状纤细，数目多达180条，分布在土壤表层，有固定和支持地上茎的作用，亦有吸收养分的作用。每年与茎干同时枯死。有鳞茎和地上茎之分。