枳椇子种子扁平圆形，背面稍隆起，旗面较平坦，直径-5mm，厚1-1.5mm。表面红棕色、棕黑色或绿棕色，有光泽，于扩大镜下观察可见散在凹点，基部凹陷处有点状淡色种脐，顶端有微凹的合点，腹面有纵行隆起的种脊。种皮坚硬，胚乳白色，子叶淡黄色，肥厚，均富油质。气微，味微涩。